La primera capital del Imperio persa aqueménida fue Pasargada, pero hacia 512 a. C. el rey Darío I el Grande emprendió la construcción de este masivo complejo palaciego, ampliado posteriormente por su hijo Jerjes I y su nieto Artajerjes I. Mientras las capitales administrativas de los reyes aqueménidas fueron Susa, Ecbatana y Babilonia, la ciudadela de Persépolis mantuvo la función de capital ceremonial, donde se celebraban las fiestas de Año Nuevo. Construida en una región remota y montañosa, Persépolis era una residencia real poco conveniente y era visitada principalmente en primavera.
En 330 a. C., Alejandro Magno, en su campaña de Oriente, ocupó y saqueó Persépolis, incendiando el Palacio de Jerjes, para simbolizar quizá el fin de la guerra panhelénica de revancha contra los persas. En 316 a. C., Persépolis era todavía la capital de Persis, una provincia del nuevo Imperio Macedónico. La ciudad decayó gradualmente durante el periodo seléucida y las épocas posteriores. En el siglo III, la cercana ciudad de Istajr se convirtió en centro del Imperio sasánida.
