El cuerpo humano normalmente alberga varios cientos de especies bacterianas y un número más pequeño de virus, hongos y protozoos. La mayoría de ellos son comensales, ya que viven con nosotros sin causar daño. Su número, así como la variedad de especies, cambia permanentemente. En cada momento cada uno de nosotros posee un espectro particular e individualizado de microorganismos. El término "flora" se debe a que la gran mayoría de los microorganismos aislados de nuestro cuerpo son bacterias y estas pertenecen al reino vegetal El dilema del microbiólogo clínico es decidir cuál de los microorganismos aislados de una muestra clínica son causantes de la enfermedad. Para el clínico, por otra parte, el conocimiento de los microorganismos de la flora normal es indispensable en la interpretación de los hallazgos de los exámenes microbiológicos.
En los intestinos de cada persona viven unos 100 billones de bacterias de centenares de especies diferentes. Esos microorganismos ayudan a convertir los alimentos en energía, a destruir toxinas, a producir determinadas vitaminas o aminoácidos y a proteger al organismo frente a muchos patógenos; a cambio, el sistema digestivo les da alimento y hábitat. Un equipo internacional ha identificado tres tipos de ecosistemas de microorganismos claramente distinguibles y en cada uno predomina un género u otro de bacterias. Además, estos tres tipos de flora intestinal son independientes de factores como de la edad, el sexo o la distribución geográfica de las personas. Las colonias bacterianas proporcionan así una nueva huella biológica que algunos comparan con el grupo sanguíneo.
